Σύμφωνα με οδηγίες που έχουν δοθεί με τις ΠΟΛ.1251/2000 και Ε.2012/2019 οι οποίες αναφέρονται στο ειδικό καθεστώς των μικρών επιχειρήσεων του άρθρου 39 του Κώδικα ΦΠΑ, το οποίο ομοίως με το ειδικό καθεστώς των αγροτών του άρθρου 41 είναι ένα προαιρετικό καθεστώς (δηλαδή οι αγρότες μπορούν να επιλέξουν αντί την εφαρμογή του ειδικού αυτού καθεστώτος το κανονικό καθεστώς του ΦΠΑ), για την ένταξη στο καθεστώς αυτό υπάρχει ανατρεπτική προθεσμία υπαγωγής. Στο πλαίσιο αυτό δεν νοείται υποβολή δήλωσης μεταβολής που να μεταβάλει την αρχική ημερομηνία ένταξης στο ειδικό καθεστώς αγροτών του άρθρου 41, καθόσον η ένταξη στο ειδικό αυτό καθεστώς είναι προαιρετικού χαρακτήρα.

Σημειώνεται ότι κατ’ εξαίρεση η μοναδική περίπτωση για την οποία προβλέπεται η δυνατότητα για αναδρομική ένταξη στο ειδικό καθεστώς αγροτών του άρθρου 41, είναι προκειμένου να υποβληθεί αίτηση επιστροφής του φόρου με τον κατ’ αποκοπή συντελεστή. Συγκεκριμένα, στην προκειμένη περίπτωση, απαιτείται πριν την υποβολή της αίτησης επιστροφής η εγγραφή στο ειδικό καθεστώς με δηλούμενη ημερομηνία ένταξης τουλάχιστον την 31η Δεκεμβρίου του προηγούμενου φορολογικού έτους, προκειμένου να έχουν δικαίωμα επιστροφής ΦΠΑ για το φορολογικό αυτό έτος.